アメリカが初めてでサンフランシスコ自体にそれほど興味が無いのでいしたら２日半の滞在期間中サンフランシスコ市内観光が１日、市外の観光地に行くのが１日、と言うのも良いかと思います。
サンフランシスコは東京などに比べると小さな町です、細部を見ると多様性があって何度行っても飽きることがありませんが、１日でザット見ることも出来ます。
初日、日本からサンフランシスコ市内に着くと昼ごろだと思います。何処に泊るまるか分かりませんが、ユニオンスクエア周辺に泊るとすると、地下鉄パウエル駅で下りると思います。

パウエル駅から、ユニオンスクエアに行く通りが、代表的なサンフランシスコの観光地です、この雑踏の雰囲気が観光地としてのサンフランシスコを表しています。
パウエル駅の東側、地下鉄の駅から地下道で通じている所に、サンウランシスコショッピングセンターがあります。衣料品が中心ですが、アメリカのショッピングセンターの持つ雰囲気をこで知ることができます。地下はフードコートになっています、美味しくありませんがアメリカのショッピングセンターでは良くある形式です。駅に通じる地下道の近くでドーナッツを売っていますが、これは美味しいです、アメリカで良くある味です。

パウエル通りをユニオンスクエアの方に歩いて行くと、バーガーキングがあります、日本のマクドナルドとは異なる大きくて美味しいハンバーガーです。

初日は、ここからユニオンスクエア周辺を散策して、チャイナタウンに行って夕食でも取ればよいかと思います。サンフランシスコにだけある観光地です。

２日目は、サンフランシスコは夏でも朝曇っていて寒いことが多いです。長袖の上着は必需品です。
パウエル駅からケーブルカーに乗っフッシャーマンズワーﾌに行くのが良いかと思います。ケーブルカーに乗って綺麗な町並みをながめるのはサンフランシスコだけで出来る観光です。
途中で降りて、ロンバーストリートを歩いてみるのも良いかと思います。そこからフィシャーマンズワーフまでは歩いてすぐそばです。

ケーブルカーの終点の近くにギラデリスクエアがあります、チョコレート工場の跡地です、坂の上の方の喫茶店でホットチョコレートを飲むと美味しいです、雰囲気もあります。

Pia39の方に歩いて行くと、観光用のレストランが幾つかあります、港を眺めながら昼食をとるのも良いと思います。
Pia３９からアルカトラズ島行きの船着場まで道沿いに歩いていけます。このあたりも綺麗な所です。

アルカトラズ島から戻ったらそのまま間Pia１の方に歩くのも良いかと思います、Pia1はフェリー乗り場になっていて、フェリービルがあります、中はショッピングモールになっています。

Pia1からパウエル駅にはマーケットストリートを歩いて戻れます。フェリービルの前の道を渡ると、休日はバザーをやっていて絵や指輪などを売っています、平日はどうでしょうか。
マーケットストリートにはOLDNAVYと言った衣料品店があります。

３日目、サンフランシスコ郊外に行っても良いかと思います。
ヨセミテ公園もお勧めです、片道４時間ぐらいで日帰りでもいけます。サンフランシスコからの日帰り観光バスも出ていると思います。
行く途中、アメリカのフリーウェイ、郊外の農村地帯、山岳地帯の景色、ヨセミテ公園の雄大な景色、を楽しめると思います。サンフランシスコ市内を出ると昼間は日本の夏の服装で十分だと思います、日がかげると冷え込みます。

地下鉄でUCバークレーへ、CALTARINでスタンフォード大学へ、行って見るのも良いかと思います。アメリカで元気のある大学の様子がが分かると思います。ただし６月だと学生がいません。

バークレーへは地下鉄BARTで２０分少々でいけます。駅を出て少しあるくと大学があります、木の生い茂った構内、白亜の校舎はなかなかの雰囲気があります。大学の南側テレグラフ通りのお店や露天も雰囲気があります、その昔のヒッピー文化が今でも残っています。

スタンフォード大学へはCALTRAINで１時間少々、パルアルトの駅で降ります。
駅前から無料のシャトルバスが出ていますが、大学が休みの時期はどうでしょうか。
駅前に大学の正門がありますが、ここから校舎のあるところまで１マイル（１．６ｋｍ）あります。広大な敷地とその奥にある校舎や研究施設群の中を散策すると、自由な雰囲気を持つアメリカの大学のパワーの源を感じると思います。
休日でも大学内の本屋さんはやっています、学生食堂も一部開いています。

在住者です。

アラモスクエアやツインピークス、ロンバートストリート等などいっぱ～～いありますよ！

服装についてですが、いつ頃行かれるかによって異なります。
ですが比較的落ち着いた気温で一年中快適な気候に恵まれ、冬場は日本より少し暖かく、夏は日本よりも涼しいので過ごしやすいです。

宜しければ参考にしてみて下さい。
http://www.tabifan.com/usa/sanfrancisco/